データベース

 

蛋白質立体構造データベース

 

     PDBj ウェブサイト 

 

蛋白質立体構造データベース(Protein Data Bank:PDB)は実験的に決定した生体高分子の3次元構造を保存する世界で唯一のデータベースです。日米欧の世界4拠点がworldwide Protein Data Bank(wwPDB)という組織を構成し,共同で登録・維持・管理を行っています。日本蛋白質立体構造データバンク(Protein Data Bank Japan: PDBj)はwwPDBの設立メンバーであり,アジア・中東地区からのデータ処理・登録を分担して,全てのPDBデータを大阪大学から世界に発信しています。(PDBアーカイブはJST-NBDCと文部科学省の共同利用・共同研究拠点活動経費による支援を受けています)

 

生体系NMR実験データベース

 

bmrb-logo

 

BMRBウェブサイト at PDBj

 

生体系NMR実験データベース(BioMagResBank: BMRB)は生体高分子の核磁気共鳴法による実験データを保存するデータベースです。BMRBの本部は米国ウィスコンシン大学にありますが,日本蛋白質立体構造データバンク(PDBj)では,ウィスコンシン大学との間に覚書を結んで,日本分室(PDBj-BMRB)を設置しています。PDBj-BMRBは,アジア・中東地区からの生体系NMR実験データの登録・処理を行い,全てのBMRBデータを大阪大学から世界に発信しています。(BMRBアーカイブはJST-NBDCと文部科学省の共同利用・共同研究拠点活動経費による支援を受けています)

 

ケンブリッジ結晶学データベース

 

    ケンブリッジ結晶構造データベースの利用について

 

ケンブリッジ結晶学データベース(Cambridge Structural Database:CSD)は1965年からデータを蓄積している有機分子や有機金属分子の結晶構造データベースです。CSDは英国CambridgeにあるThe Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC)がデータ登録・処理を単独で行っており,データベースは有料で利用することができます。大阪大学蛋白質研究所は,日本の代表加盟機関(National Affiliated Centre)として,1970年代の第1回リリースからデータ購入を担当し国内の利用に供していました。2000年代にライセンス料が利用者負担に変更された後も,代表加盟機関としてアカデミックユーザー向けのライセンス管理とユーザーサポートを行っています。(NACとしての活動と大阪大学学内向けサービスは,蛋白質研究所の支援を受けて維持されています)

 

電子顕微鏡画像データベース

 

 

EMPIAR-PDBjウェブサイト

 

電子顕微鏡画像データベース(Electron Microscopy Public Archive : EMPIAR)は,クライオ電子顕微鏡構造解析に用いる2次元撮影画像と関連する実験データを保存するデータベースです。EMPIARの本部は欧州分子生物学研究所(EMBL)が英国に設立した欧州情報学研究所(EBI)にあります。日本蛋白質立体構造データバンク(PDBj)では,EMBL-EBIとの間に覚書を結んで,日本国内でのデータ配布活動を開始しました。今後は,日本国内からの実験データの登録・処理を分担し,単粒子クライオ電子顕微鏡画像データを大阪大学から世界に発信していきます。(EMPIAR-PDBjの活動ははAMED-BINDSによる支援を受けています)

 

マトリックス蛋白質組織染色画像データベース

 

 

マトリックス蛋白質組織染色画像データベース