蛋白質研究所の教員は、大阪大学大学院の理学研究科（化学専攻、生物科学専攻、高分子科学専攻）、医学系研究科、生命機能研究科を担当しています。それぞれの研究科（専攻）を担当する教員を指導教員に選べば、蛋白質研究所に所属して教育研究活動ができます。
平成24年度入学生の各研究科の大学院入学試験や研究室紹介の予定は下記の通りです。詳しくはリンク先の各研究科（専攻）のＨＰをご覧ください。
なお、蛋白質研究所の研究室訪問は随時受け入れておりますので、説明会等の日程の都合が悪い場合には、遠慮なく希望研究室に連絡ください。
（例えばこの様にマスコミなどにリリースすることを意図していないトピックを入れます。）
所外で宿泊しておこなう蛋白質研究所報告会（IPRリトリート）は、2002年に始まり、今年で第10回を数えます。
今ではIPRリトリートは、蛋白質研究所の研究に携わる全構成員が研究室という枠を超えて集い、研究成果の報告と交流をはかる大変重要な催しとなっています。
蛋白質研究所は大阪大学の学生や教員、また、科学研究費補助金や文部科学省、科学技術振興機構、新エネルギー・産業技術総合開発機構からの受託研究費、さらに科学技術総合推進費補助金や研究開発施設共用等促進費補助金などの研究経費により雇用されている多くの研究員、技術員により構成されています。
IPRリトリートは、開始当初は所内の研究報告会と構成員の交流をはかる比較的限定的な参加者により始まりましたが、年々学外からの参加者も増えてきました。
特に、東アジアを中心とした海外の研究機関との国際的な連携が深まってきたこと、外国人PI部門が設立されたことなどによって、IPRリトリートでの発表は2005年から"英語"が公用語となって、今に至っています。2010年度から蛋白質研究所は文部科学省より「蛋白質研究の共同利用・共同研究拠点」としての認定を受け、以来、蛋白質研究の中核組織として様々な活動計画を実施しています。
節目の2009年には蛋白質研究所は50周年記念事業を執り行い、これを機会にIPRリトリートを「国際蛋白質研究報告会」とし、実行委員会組織を立ち上げ本格的な国際会議として発展させ、兵庫県国際交流協会からの公的な研究助成金も受けて会を運営しています。
http://www.protein.osaka-u.ac.jp/jpn/topics/10-ipr2011-2011112829.php
（例えばこの様にマスコミなどにリリースすることを意図していないトピックを入れます。）