大阪大学においては、第二次大戦以前から理学部と医学部を中心として、蛋白質の研究が活発に行われていた。戦後、蛋白質の研究は世界的に急速な進展を見せ始めた。この情勢に対応して、それまでの蛋白質研究の伝統を継承し一層発展させるために、学内に蛋白質研究の総合センターを設置する必要があるとの意見が強まった。そこで、赤堀四郎理学部教授を中心として設立計画が練られ、大阪大学は1955年に蛋白質研究所の設置を文部省に要求し、翌年に理学部附属施設として蛋白質研究施設の設置が認められた。他方、1956年の日本学術会議総会において、全国の研究者の共同利用の場として蛋白質の研究施設を設立する必要があるとの決議がなされた。翌年、国立大学研究所協議会は、この種の施設を大学附置の共同利用研究所として大阪大学に設置することが適当であるとの結論に達した。
このような動向を背景として、大阪大学蛋白質研究所は、1958年4月1日に全国共同利用研究所として発足し、赤堀四郎教授が初代所長に任命された。その後、年譜に記載の発展を経て、現在、本研究所は4研究部門12研究室と1センター6研究系及び2寄附研究部門からなる体制を整えるに到っており、わが国における蛋白質研究の中核として学術研究に貢献するための一層の努力を続けている。
| 1956 | 理学部に「たんぱく質研究施設」設置 |
| 1958 | 全国共同利用「たんぱく質研究所」設置 (蛋白質有機化学研究部門、蛋白質溶液学研究部門、蛋白質代謝研究部門) 運営協議会発足 |
| 1959 | 酵素反応学研究部門、蛋白質物理構造研究部門の増設 |
| 1960 | 蛋白質化学構造研究部門、蛋白質生理機能 |
| 研究部門、蛋白質生合成研究部門を増設 | |
| 1961 | 旧中之島キャンパスに本館(4,130m2)竣工 |
| 1962 | ペプチドセンター設置 |
| 1964 | 蛋白質物性研究部門の増設 |
| 1965 | 鳥井記念館内に分室(569m2)を設置 |
| 1967 | 血液蛋白質研究部門の増設 |
| 1971 | 現在の吹田キャンパスに本館(7,873m2) 及び機械棟(644m2)竣工 |
| 1972 | 現在の吹田キャンパスに移転 |
| 1977 | 蛋白質機能評価研究部門(客員)増設 |
| 血液蛋白質研究部門を蛋白質機能制御研究部門に名称変更 | |
| 1978 | 結晶解析研究センター設置 |
| 1979 | 結晶解析研究センター棟(1,505m2)及び超伝 導核磁気共鳴装置棟(267m2)竣工 |
| 1988 | 蛋白質工学基礎研究センター設置(時限10年)(ペプチドセンター及び結晶解析研究センターの廃止・転換) |
| 1998 | 生体分子解析研究センター設置(時限10年) |
| 2002 | プロテオミクス総合研究センター設置(時限10年)(生体分子解析研究センターの廃止) |
| 2004 | 国立大学法人大阪大学附置蛋白質研究所(全国共同利用)に移行 |
| 2005 | 研究所本体の改組 4研究部門12研究室体制に。 外国人研究グループの設置、生体分子認識(タカラバイオ)寄附研究部門設置 |
| 2006 | 疾患プロテオミクス(Shimadzu)寄附研究部門設置 |
| 2008 | 共同研究拠点棟(1,149m²)竣工 |
| 2009 | 本館耐震改修工事完了 |
| 2010 | 蛋白質研究共同利用・共同研究拠点に認定 |
| 初代 | 赤堀 四郎 | Shiro AKABORI | 1958年4月1日~1961年11月30日 |
| 2代 | 伊勢村 寿三 | Toshizo ISEMURA | 1961年12月1日~1965年11月30日 |
| 3代 | 鈴木 友二 | Yuji SUZUKI | 1965年12月1日~1969年8月14日 |
| 4代 | 成田 耕造 | Kozo NARITA | 1969年8月15日~1971年8月14日 |
| 5代 | 角戸 正夫 | Masao KAKUDO | 1971年8月15日~1982年4月1日 |
| 6代 | 泉 美治 | Yoshiharu IZUMI | 1982年4月2日~1985年3月31日 |
| 7代 | 佐藤 了 | Ryo SATOH | 1985年4月1日~1987年3月31日 |
| 8代 | 堀尾 武一 | Takekazu HORIO | 1987年4月1日~1989年3月31日 |
| 9代 | 勝部 幸輝 | Yukiteru KATSUBE | 1989年4月1日~1993年3月31日 |
| 10代 | 中川 八郎 | Hachiro NAKAGAWA | 1993年4月1日~1995年3月31日 |
| 11代 | 﨑山 文夫 | Fumio SAKIYAMA | 1995年4月1日~1997年3月31日 |
| 12代 | 京極 好正 | Yoshimasa KYOGOKU | 1997年4月1日~1999年3月31日 |
| 13代 | 下西 康嗣 | Yasutsugu SHIMONISHI | 1999年4月1日~2000年3月31日 |
| 14代 | 永井 克也 | Katsuya NAGAI | 2000年4月1日~2004年3月31日 |
| 15代 | 阿久津 秀雄 | Hideo AKUTSU | 2004年4月1日~2006年3月31日 |
| 16代 | 月原 冨武 | Tomitake TSUKIHARA | 2006年4月1日~2008年3月31日 |
| 17代 | 相本 三郎 | Saburo AIMOTO | 2008年4月1日~2010年3月31日 |
| 18代 | 長谷 俊治 | Toshiharu HASE | 2010年4月1日~ |