研究室・事務部案内

トップページ
研究室・事務部案内
プロテオミクス総合研究センター

蛋白質情報科学研究系

メンバー

教授	中村春木
准教授	金城玲
助教	鷹野優
技術職員	小佐田高史

連絡先

Tel	06-6879-4310
Fax	06-6879-4310
E-mail
研究室URL	http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/pi/index_pi.html

研究概要

本研究室は、蛋白質立体構造データベース（PDB）の構築・高度化PDBjとして進め、蛋白質および関連する生体分子の構造・物性・相互作用を、シミュレーション計算と構造生物学実験により解析し、さらに構造バイオインフォーマティクス研究を加えて、プロテオーム情報の総合的な理解を目指している。

<Fig.1>
The home page of PDBj (Protein Data Bank Japan: http://www.pdbj.org/),
displaying the Electron Density Map for the deposited structure factor. For
maintaining the database of the protein structures, PDBj manages the
international database, wwPDB, collaborating with the Research Collaboratory
for Structural Bioinformatics (RCSB) and the European Bioinformatics
Institute (EBI) in EU. In addition, PDBj continues its own research and
development of protein structure databases. In particular, a canonical XML
description of PDB data, PDBML, has been based developed by PDBj
and RCSB. Several other applications have been developed: molecular
graphics viewer, jV, molecular surface database for functional sites, eF-site,
with a new service, eF-seek, for the search of similar molecular surface,
and the navigation of the sequence and structure neighbours.

<Fig.2>
Docking simulation for the putative interfaces of RID domain of RalGDS at the
top left and that of Ras at the bottom left. A putative complex structure indicated
with sky lines at the right was built, where yellow and blue lines are complex
crystal structures of RID domain of RalGDS and RAS, respectively.

研究課題

1）国際的な蛋白質構造データベース(PDBj)の構築。
2）蛋白質の構造と相互作用を解析・予測するバイオインフォーマティクス研究。
3）蛋白質および蛋白質・基質複合体の構造とエネルギーを数値シミュレーションによって得るための統計力学的アルゴリズムの開発と、量子化学と古典力学の連成計算を含む分子シミュレーションの実施。
4）蛋白質のＸ線結晶解析による構造生物学研究。

発表論文

1. ASH structure alignment package: Sensitivity and selectivity in domain classification. Standley, D. M. Toh, H., Nakamura, H. (2007) BMC Bioinformatics 8: 116 .
2. Quantum mechanical study of the proton transfer via a peptide bond in the novel proton translocation pathway of cytochrome c oxidase. Takano, Y., Nakamura, H. (2006) Chem. Phys. Lett. 430, 149-155.
3. Molecular dynamics simulation study on water associated with π-electrons of benzene by using QM/MM potential. Yonezawa, Y., Nakata, K., Takada, T., Nakamura, H. (2006) Chem. Phys. Lett. 428, 73-77.

▲ページ先頭へ戻る