多様な機能・構造・物性・生理機能を持つ蛋白質の基礎的、応用的研究を共同実施する拠点を形成し、蛋白質研究により我が国の生命科学を飛躍的に発展させることを目的としています。

その目的を達成するため、大学やその他の研究者コミュニティから広く研究者を受け入れて共同利用・共同研究を実施すると共に、蛋白質研究所セミナーや蛋白質データベースを通して蛋白質研究に関する情報発信を行います。

また、運営にあたっては外部の学術経験者を中心とする運営委員会や専門委員会の助言をもとに学界・社会の要請に的確に対応しています。