DNAメチルトランスフェラーゼ関連
Characterization of DNA-binding activity in the N-terminal domain of DNA methyltransferase Dnmt3a
Isao Suetake, Yuichi Mishima, Hironobu Kimura, Young-Ho Lee, Yuji Goto, Hideyuki Takeshima, Takahisa Ikegami, and Shoji Tajima
Biocem. J. online pulication (2011)
Dnmt3aはゲノムに新たにメチル化模様を描くDNAメチルトランスフェラーゼであるが、生殖細胞や初期胚ではそのアイソフォームである、N末219アミノ酸残基を欠くDnmt3a2が高発現している。全長のDnmt3aは分化方向が決定したか分化した細胞でユビキタスに発現しており、週末分化での遺伝子特異的なメチル化模様形成に寄与していると考えられる。この論文では、Dnmt3a2に無く、Dnmt3aに存在するN末端領域に強いDNA結合活性が存在し、これが細胞内でのDnmt3aの存在場所やDNAメチル化活性に寄与していることを示した。

Structural insight into maintenance methylation by mouse Dnmt1.
Kohei Takeshita*, Isao Suetake*, Eiki Yamashita, Michihiro Suga, Hirotaka Narita, Atsushi Nakagawa, and Shoji Tajima.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA online publication (2011) (*equal contribution)
　ゲノムのメチル化模様を複製の過程で維持する機構を明らかにする上で、Dnmt1の立体構造解析を明らかにすることは大変重要である。本論文では、長年我々が取り組んできた、Dnmt1のX線結晶構造を明らかにしている。これにより、Dnmt1の非常に興味深いマルチドメイン構造が明らかとなり、メチル化維持機構を解析する大きな橋頭保が確立された。特に、複製フォークに局在させるRFTSがDnmt1の触媒ポケットに深く突き刺さった構造は興味深い。

Recombinant mammalian DNA methyltransferase activity on model transcriptional gene silencing short RNA-DNA heteroduplex substrates.
Jason P. Ross, Isao Suetake, Shoji Tajima, and Peter L. Molloy.
Biochem. J. 432, 323-332 (2010)

Array-based genomic resequencing of human leukemia.
Yoshihiro Yamashita, Jin Yuan, Isao Suetake, Hiromu Suzuki, Yuichi Ishikawa, Young Lim Choi, Toshihide Ueno, Manabu Soda, Toru Hamada, Hidenori haruta, Yasushi Miyazaki, Shuji Takada, Hitoshi Kiyoi, Etsuro Ito, Tomoki Naoe, Masao Tomonaga, Minoru Toyota, Shoji Tajima, Atsushi Iwama, and Hiroyuki Mano.
Oncogene 29, 3723-3731 (2010)

The DNA-binding activity of mouse DNA methyltransferase 1 is regulated by phosphorylation with casein kinase 1 delta/epsilon.
Yasunori Sugiyama, Naoya Hatano, Noriyuki Sueyoshi, Isao Suetake, Shoji Tajima, Eiji Kinoshita, Emiko Kinoshita-Kikuta, Tohru Koike, and Isamu Kameshita.
Biochem. J. 427, 489-497 (2010)
Abnormal DNA methyltransferase expression in mouse germline cells results in spermatogenic defects.
Seiji Takashima, Masanori Takehashi, Jiyoung Lee, Shinichiro Chuma, Masaki Okano, Kenichiro Hata, Isao Suetake, Norio Nakatsuji, Hiroyuki Miyoshi, Shoji Tajima, Hiroyuki Sasaki, Mito Kanatsu-Shinohara, and Takashi Shinohara.
Biol. Reprod. 81, 155-164 (2009)

Cyclin-dependent kinase-like 5 binds and phosphorylates DNA methyltransferase 1.al and zygotic Dnmt1
Isamu Kameshita, Mari Sekiguchi, Daisuke Hamasaki, Yasunori Sugiyama, Naoya Hatano, Isao Suetake, Shoji Tajima, Noriyuki Sueyoshi.
Biochem. Biophysi. Res. Commun. 377, 1162-1167 (2008)
　Dnmt1のN末端領域は独立の領域構造を取り、様々な因子を結合するプラットフォームとして機能している。この論文では、このDnmt1N末領域に特異的に結合するキナーゼをプ精製して、ロテオミクスの手法により同定した。その結果CDK-like 5と呼ばれる、分子量10万のキナーゼが同定された。CDK-like 5はMeCP2とともに、RETT症候群の原因遺伝子であることが最近報告された。MeCP2がDnmt1と結合することも報告されているので、Dnmt1とCDK-like 5の相互作用は興味深い。今後、CDK-like 5によりリン酸化される部位の同定とその機能解明が重要となる。

Maternal and zygotic Dnmt1 are necessary and sufficient for the maintenance of DNA methylation imprints during preimplantation development.
Ryutaro Hirasawa, Hatsune Chiba, Masahiro Kaneda, Shoji Tajima, En Li, Rudolf Jaenisch, and Hiroyuki Sasaki.
Genes Dev. 22, 1607-1616 (2008)

Mouse Dnmt3a preferentially methylates linker DNA and is inhibited by histone H1.
Hideyuki Takeshima, Isao Suetake, and Shoji Tajima.
J. Mol. Biol. 383、810-821 (2008)
　HeLa細胞からヒストンH1がリンカーに結合したオリゴヌクレオソームと除いたものを調製して、Dnmt3aのDNAメチル化活性を測定したところ、ヒストンH1を除いたヌクレオソームが良くメチル化された。このことは再構成したジヌクレオソームでも示すことができた。Dnmt3aはDNAが露出したリンカー部分をメチル化する。このことは、以前の我々の報告（Takeshima et al. 2006）を指示する結果である。リンカーDNAがヒストンH1により占有される。生体内ではダイナミックにヌクレオソーム間を移動するヒストンH1がDNAのメチル化領域を制御していることを提案する。

The SRA protein Np95 mediates epigenetic inheritance by recruiting Dnmt1 to methylated DNA
Sharif Jafar, Masahiro Muto, Shin-ichiro Takebayashi, Isao Suetake, Akihiro Iwamatsu, Takaho A. Endo, Yoko Mizutani-Koseki, Kunihiro Okamura, Shoji Tajima, Kohzoh Mitsuya, Masaki Okano, and Haruhiko Koseki.
Nature, 450, 908-912 (2007)
　この論文では、生体内でゲノムのメチル化模様を維持するためには、Np95と呼ばれる、ヘミメチル化DNAを認識する因子が、Dnmt1をヘミメチル化されたDNAにリクルートする必要があることを示した。複製フォーク、修復個所でDnmt1やNp95が相互作用する因子の存在が興味深い。

Bmi1 cooperates with Dnmt1 associated protein 1 in gene silencing.
no-terminus of mouse DNA methyltransfe
Masamitsu Negishi, Atsunori Saraya, Satoru Miyagi, Kenji Nagao, Yoshimasa Inagaki, Mitsuo Nishikawa, Shoji Tajima, Haruhiko Koseki, Hiroshi Tsuda, Yoshinari Takasaki, Hiromitsu Nakauchi, and Atsushi Iwama.
Biochem. Biophys. Res. Commun. 353, 992-998 (2007)

The amino-terminus of mouse DNA methyltransferase 1 forms an independent domain and binds to DNA with the sequence involving PCNA binding motif.
Isao Suetake, Daichika Hayata, and Shoji Tajima
J. Biochem. 140, 763-776 (2006)
　この論文はDnmt1のN末端（1-248）が独立のフォールデリングをもつこと、そして、その領域がDNAに結合することを示しました。このDNAへの結合はDNAのマイナーグルーブに対するもので、この領域にやはり結合する複製に必須な因子であるPCNAと競合します。この結合は、おそらくATに富む領域のメチル化維持に寄与しているのではないかと考えられます。PCNAの結合とは同時に起きないことから、このDNA結合活性は、short-patch修復後に生じるヘミメチル化状態の修復に寄与していることが予想されます。

Stimulation effect of Dnmt3L on the DNA methylation activity of Dnmt3a2.
Isao Suetake, Yuuki Morimoto, Takuya Fuchikami, Kuniya Abe, and Shoji Tajima
J. Biochem. 140, 553-559 (2006)
　胎生期の雄性生殖細胞ではゲノムワイドなメチル化が起きますが、これにはDnmt3LとDnmt3a遺伝子が必須であることが知られています。私達は2004年の論文でDnmt3a遺伝子の機能的な産物はDnmt3aのアイソフォームであるDnmt3a2であることを報告しています。また、Dnmt3LによるDnmt3aの促進機能が直接相互作用することによることも2004年に報告しています。しかし、どうして生殖細胞ではDnmt3Lを必須ナ因子として要求し、初期の胚体では特にDnmt3Lを必要としないのか不思議でした。この論文ではその疑問の一部に答えたと考えています。Dnmt3a2は生理的な塩条件下ではほとんど活性を示しませんが、Dnmt3Lが存在することで有意なDNAメチル化活性を示します。胎生期のゲノムワイドなメチル化が起きる時期にはDnmt3a2がほぼ唯一のDNAメチルトランスフェラーゼなのですから、この時期の生殖細胞ではDnmt3Lをほぼ絶対的に要求することは納得がいきます。これに対して胚体の細胞ではDnmt3aやDnmt3bも発現しています。これらは生理的な塩濃度条件下でも活性を示しますので、特にDnmt3Lが無くても充分機能するのだと考えられます。

Distinct DNA methylation activity of DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b towards the DNA in nucleosomes.
Hideyuki Takeshima, Isao Suetake, Hideto Shimahara, Shin-ichi Tate, Kiyoe Ura, and Shoji Tajima
J. Biochem. 139, 503-515 (2006)
　ヌクレオソームDNAに対するDnmt3aとDnmt3ｂの活性を比較したところ、ともにヌクレオソーム形成によりDNAメチル化活性は著しく低下しました。しかし、Dnmt3aがヌクレオソーム・コア領域に位置するDNAをメチル化できないのに対して、Dnmt3bは有意にメチル化することができました。一方、Dnmt3aは裸のリンカーDNA部分に対して特に高い活性を示しました。これらの性質の違いが、両酵素が生体内で異なるゲノム領域をメチル化することの分子基盤の一つであることを提案するに至りました。

Proessive methylation of hemimethylated CpG sites by mouse Dnmt1 DNA methyltransferase
Giedrius Vilkaitis, Isao Suetake, Saulius Klimasauskas, and Shoji Tajima
J. Biol. Chem. 280, 64-72 (2005)
　Dnmt1は複製フォークでPCNAと結合して、新たに合成されるDNAの娘鎖にメチル化された親鎖の対称の位置にメチル基を入れ、DNAメチル化模様を維持します。その性質からDnmt1は同じDNA鎖上のCpGを順番に連続的（processive）にメチル化していく性質が予想されています。この論文ではDnmt1がPCNAに結合することなくprocessiveな性質をもつことを証明しました。また、Dnmt1はDNA鎖上を動いてメチル化するとき、2本鎖DNAの一方の鎖のCpGだけをメチル化することを明らかにしました。ヘミメチル化DNAをメチル化する"信頼度"は95-96%であることも示すことができました。

Co-expression of de novo DNA methyltransferase Dnmt3a2 and Dnmt3L in gonocytes of mouse embryos.
Yasuhiro Sakai*, Isao Suetake*, Fuminori Shinozaki, Shohei Yamashina, and Shoji Tajima.
Gene Expression Patterns 5, 231-237 (2004)  (*equal contribution)
　ゲノムワイドなメチル化が起きる16〜18日胚の精巣ではDnmt3a2とDnmt3Lがともに高発現していることを示しました。このことは、この時期に起きるゲノムワイドなメチル化はDnmt3a2によるものであることを強く示唆しています。

Expression of Dnmt3b in mouse hematopoietic progenitor cells and spermatogonia at specific stages.
Daisuke Watanabe, Isao Suetake, Shoji Tajima*, Kazunori Hanaoka.
Gene Expression Patterns, 5, 43-49 (2004) (*corresponding author)
　体には既にある程度の分化方向が決定した、しかしまだ終末分化はしない“幹細胞”が存在します。その中で、血球の前駆細胞とスペルマトゴニアと呼ばれる精細胞の前駆細胞が特異的にDnmt3bを発現していることを示しました。スペルマトゴニアにはAとBと呼ばれる少し分化程度が異なるものがあります。より未分化のA細胞ではDnmt3bが、そしてBではDnmt3aが発現しています。

DNMT3L stimulates DNA methylation activity of Dnmt3a and Dnmt3b through a direct interaction.
Isao Suetake, Fuminori Shinozaki, Junichi Miyagawa, Hideyuki Takeshima, and Shoji Tajima.
J. Biol. Chem. 279, 27816-27823 (2004)
　Dnmt3Lはそれ自身はDNAメチル化活性をもっていませんが、精巣と卵母細胞でゲノムの繰返し配列やインプリント遺伝子のメチル化に必須であることが遺伝学的に示されています。私達は組換Dnmt3a、Dnmt3b1それとDNMT3Lを用いてDNMT3LのC末端半分がDnmt3aやDnmt3b1と結合してその活性を促進することを見出しました。

Distinct enzymatic properties of recombinant mouse DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b.
Isao Suetake, Junko Miyazaki, Chikako Murakami, Hideyuki Takeshima and Shoji Tajima.
J. Biochem. 133, 737-744 (2003)
　Dnmt3aとDnmt3b1のcDNAをバキュロウイルスに組込み、昆虫細胞で発現させ、ほぼ単一まで精製しその性質を調べた論文です。高純度、高比活性の酵素は、特にDnmt3bについては世界のどの研究室も精製に成功していません。以前大腸菌で発現させたDnmt3aとDnmt3b（純度約80％）での結果とほぼ同様の結果を得ることができました。Dnmt3aがCpAも、また、Dnmt3b1がCpTとCpAもメチル化できることを改めて示しました。

Monoclonal antibody against Dnmt1 arrests the cell division of Xenopus early stage embryos.
Hideharu Hashimoto, Isao Suetake, and Shoji Tajima.
Exp. Cell Res. 286, 252-262 (2003)
　Dnmt1のN末端に対する4種のモノクローナル抗体を２細胞期のツメガエル胚に注入すると、特異的に細胞の分裂が阻害されて、巨大な細胞が出現します。この分裂阻害はMBT以前に起こりこと、また、抗体は直接DNAメチル化活性を阻害しないことから、抗体による分裂阻害はDNAのメチル化を介したものではなく、直接細胞周期のチェックポイントに作用したものであると考えられます。核の形とヒストンリン酸化活性から、細胞の分裂はS期〜M期で停止していることがわかりました。Dnmt1のDNAメチル化維持活性以外の機能を示唆する論文です。

Biochemical fractionation reveals association of DNA methyltransferase (Dnmt) 3b with Dnmt1 and that of Dnmt3a with histone H3 methyltransferase and HDAC1.
Jharna Datta, Kalpana Ghoshal, Sudarshana M. Sharma, Shoji Tajima, and Samson T. Jacob.
J. Cellular Biochem. 88, 855-64 (2003)

PCNA clamp facilitates DNA cytosine methyltransferase 1 activity on hemimetylated DNA.
Tetsuo Iida, Isao Suetake, Shoji Tajima, Hiroshi Morioka, Satoshi Ohta, Chikashi Obuse, and Toshiki Tsurimoto.
Genes to Cells 7, 997-1007 (2002)

Stage- and cell-specific expression of Dnmt3a and Dnmt3b during embryogenesis.
Daisuke Watanabe*, Isao Suetake*, Takashi Tada, and Shoji Tajima.
Mech. Dev. 118, 187-190 (2002) (*equal contribution)
　胚発生の過程でde novo型のDNAメチルトランスフェラーゼがどのような発現をするのかについて、特異的な抗体を用いて調べました。その結果、ゲノムワイドなメチル化が起きる着床期の胚ではDnmt3b1が高い発現を示し、Dnmt3aはほとんど検出できませんでした。これに対して、１０日胚を過ぎると逆にDnmt3b1の発現は検出されなくなり、逆にDnmt3aの発現が間葉系の細胞で顕著になります。着床期に起きるゲノムワイドなメチル化はDnmt3b1によるものであると考えられます。

Three Novel DNMT3B Mutations in Japanese Patients with ICF Syndrome.
Hisao Shirohzu, Takeo Kubota, Azumi Kumazawa, Takashi Sado, Takahito Chijiwa, Kouichi Inagaki, Isao Suetake, Shoji Tajima, Keiko Wakui, Yuko Miki, Masatoshi Hayashi, Yoshimitsu Fukushima, and Hiroyuki Sasaki.
American J. Med. Genet. 112, 31-37 (2002)

Exogenous expression of mouse Dnmt3 induces apoptosis in Xenous early embryos.
Hironobu Kimura, Isao Suetake, and Shoji Tajima.
J. Biochem. 131, 933-941 (2002)
　アフリカツメガエル胚にマウスのde novo型DNAメチルトランスフェラーゼ、Dnmt3a、Dnmt3b1とDnmt3b2のmRNAを注入して異所的に発現させたところ、原腸陥入期にアポトーシスが誘導され胚は死に至りました。このアポトーシスはBcl-2ホモログであるhBcl-XLによりレスキューされました。アポトーシスは細菌のDNAメチラーゼやDNAメチル化活性をもたないDnmt3bアイソフォームであるDnmt3b3の発現によって誘導されませんでした。しかし、活性中心のCysをAlaに置換したDnmt3b1とDnmt3b2ではアポトーシスが誘導されました。さらに、アポトーシスの責任領域はDnmt3b1 (b2)のC末端の触媒領域に存在することなどから、アポトーシスはDNAメチル化活性によるものではなく、Dnmt3aやDnmt3bの触媒領域の立体構造に依存するものであることが予想されます。

Expression of DNA methyltransferase (Dnmt1) in testicular germ cells during development of mouse embryo.
Yasuhiro Sakai, Isao Suetake, Kunihiko Itoh, Michinao Mizugaki, Shoji Tajima, and Shohei Yamashina.
Cell Struct. Funct. 26, 685-691 (2001)
　胚発生過程の精細胞におけるDnmt1の発現と5mC量を特異的な抗体を用いて追跡しました。その結果、ゲノムワイドなメチル化が16-18日胚の精細胞で起き、この時期Dnmt1の発現は低下していました。従って、ゲノムワイドなメチル化にはDnmt1は深く関与しないと結論いたしました。

Enzymatic properties of de novo-type mouse DNA (cytosine-5) methyltransferases.
Asako Aoki, Isao Suetake, Junichi Miyagawa, Takayuki Fujio, Takahito Chijiwa, Hiroyuki Sasaki, and Shoji Tajima.
Nucleic Acids Res. 29, 3506-3512 (2001)
　De novo型のDNAメチルトランスフェラーゼであるDnmt3a、Dnmt3b1とそのアイソフォームであるDnmt3b2、Dnmt3b3をGST融合蛋白質として発現・精製してその性質を調べました。Dnmt3a、Dnmt3b1とDnmt3b2はお互いに良く似た反応速度定数をもちDNAに新たにメチル化模様を入れることがわかりました。それに対して、Dnmt3b3はDNAメチル化活性をもたないことが明らかになりました。興味深いことに、両酵素はCpG配列以外のCもメチル化する活性をもつことが明らかになりました。Dnmt3aはCpAを、Dnmt3b1はCpTとCpAを弱いながら有意にメチル化します。

Xenopus eggs express identical DNA methyltransferase, Dnmt1, as somatic cells.
Liheng Shi, Isao Suetake, Tohru Kawakami, Saburo Aimoto, and Shoji Tajima.
J. Biochem. 130, 359-366 (2001)
　アフリカツメガエルDnmt1のN末端を抗原にしてモノクローナル抗体を作製しました。この抗体を利用してアフリカツメガエルの卵母細胞と初期胚のDnmt1の発現している分子種を調べますと、哺乳類で知られている、N末端が欠けた卵母細胞特異的なDnmt1はアフリカツメガエルには存在しないことがわかりました。また、抗体で免疫沈降させたxDnmt1の比活性はマウスのそれにほぼ匹敵するものでした。

Proliferation stage-dependent expression of DNA methyltransferase (Dnmt1) in mouse small　intestine.
Isao Suetake, Liheng Shi, Daisuke Watanabe, Masahiko Nakamura, and Shoji Tajima.
Cell Struct. Funct. 26, 79-86 (2001)
　培養細胞を用いた実験ではDnmt1は増殖している細胞で高発現して、細胞が増殖を停止したときは急速にその発現量が低下することが知られています。この論文ではこの点を生体内で調べる目的で、小腸上皮細胞について、特異的な抗体とBdUの取り込まれた細胞を調べ、Dnmt1が細胞増殖が盛んな、小腸上皮細胞の前駆細胞のクリプト細胞で高い発現を示すことを明かにしました。生体内においても、Dnmt1は増殖している細胞で特異的に高い発現をしていることがわかりました。

Maintenance-type DNA methyltransferase is highly expressed in post-mitotic neurons and localized in the cytoplasmic compartment.
Kouichi Inano, Isao Suetake, Takayuki Ueda, Yasuko Miyake, Masahiko Nakamura, Masahiko Okada, and Shoji Tajima.
J. Biochem. 128, 315 - 321 (2000)
　通常Dnmt1は増殖している細胞で高発現し、核に局在します。この論文では、興味深いことに、既に増殖が停止したニューロンでDnmt1が高発現しており、しかも、核ではなく細胞質にそのほとんどが存在することが明かとなりました。この生物学的な意義は良くわかりませんが、寿命の長い、しかも再生困難な神経細胞でメチル化状態を保つための戦略ではないかと考えられます。

Xenopus maintenance-Type DNA methyltransferase is accumulated and translocated into germinal vesicles of oocytes.
Hironobu Kimura, Isao Suetake, and Shoji Tajima.
J. Biochem. 125, 1175-1182 (1999)

Isolation and expression of a Xenopus laevis DNA methyltransferase cDNA.
Hironobu Kimura, Goshi Ishihara, and Shoji Tajima.
J. Biochem. 120, 1182-1189 (1996)

Overexpression of DNA methyltransferase in myoblast cells accelerates myotube formation.
Hidekazu Takagi, Shoji Tajima, and Akira Asano.
Eur. J. Biochem. 231, 282-291 (1995)

Isolation and expression of a chicken DNA methyltransferase cDNA.
Shoji Tajima, Hideki Tsuda, Nobunao Wakabayashi, Akira Asano, Shigeki Mizuno, and Katsuhiko Nishimori.
J. Biochem. 117, 1050-1057 (1995)

メチル化DNA結合蛋白質関連

Expression, purification and Characterization of methyl DNA binding protein from Bonbyx mori.
Tomohide Uno, Yuka Nomura, Masahiko Nakamura, Atsushi Nakao, Shoji Tajima, Kengo Kanamaru, HIroshi Yamagata, and Yosuke Iwanaga
J. Insect Science 5:8 (2005)
　蚕のメチル化DNA結合蛋白質、MBD2/3のcDNAを単離して、発現させ性質を調べました。その配列はショウジョウバエのものと54%の相同性をしめし、リン酸化修飾を受けることがわかりました。

Xenopus MBD3 plays a crucial role in an early stage of development.
Hidetomo Iwano, Masahiko Nakamura, and Shoji Tajima.
Dev. Biol. 268, 416-428 (2004)
　アフリカツメガエルのメチル化DNA結合蛋白質の一つMBD3はマウスやヒトのそれがメチル化DNAに結合が無いか弱いのに対して、非常に強くメチル化DNAに結合します。MBD3のアンチセンス鎖を胚にインジェクションしてMBD3の発現を阻害すると、その程度が著しい場合は神経胚で致死となり、弱いと脳と眼（レチナ）の分化が阻害されます。様々なMBD3の欠失コンストラクトの発現実験から、MBD3の機能にはそのメチル化結合活性と他の因子との複合体形成が必須であることが明かとなりました。

A novel DNA binding protein that recognizes methylated c-Myc binding motif.
Isao Suetake, Shoji Tajima, and Akira Asano.
J. Biochem. 118, 244-249 (1995)

Identification of two novel mouse nuclear proteins that bind selectively to a methylated c-Myc recognizing sequence.
Isao Suetake, Shoji Tajima, and Akira Asano.
Nucl. Acids Res. 21, 2125-2130 (1993)

その他のメチル化関連論文
Down regulation of the tumor suppressor Cbp/PAG1 is mediated by epigenetic histone modifications via the MAPK/P13K pathway. Kei Suzuki, Chitose Oneyama, Hironobu Kimura, Shoji Tajima, and Masato Okada. J. Biol. Chem. in press (2011)

Ars insulator identified in sea urchin possesses an activity to ensure the transgene expression in mouse cells.
of DNA methylation.
Shoji Tajima, Keiko Shinohara, Maiko Fukumoto, Reiko Zaistu, Junichi Miyagawa, Shinjiro Hino, Jun Fan, Koji Akasaka, and Masao Matsuoka.
J. Biochem. 139, 705-714 (2006)
　ウニで見つかったインスレーターがマウスの筋芽細胞でも機能して、外から導入したトランスジーンの抗サイレンシング効果を示すことがわかりました。このとき、インスレーターはプロモーターの抗メチル化にも寄与していました。

Isolation of the novel cDNA of a gene of which expression is induced by a demethylating stimulus.
Junichi Miyagawa, Michio Muguruma, Hiroshi Aoto, Isao Suetake, Masahiko Nakamura, and Shoji Tajima.
Gene, 240, 289-295 (1999)

Genomic organization of the mouse AZ1 gene that encodes the protein localized to preacrosomes of spermatids.
Hiroshi Aoto, Yasuko Miyake, Masahiko Nakamura, and Shoji Tajima.
Genomics 40, 138-141 (1997)

Isolation of a novel cDNA that encodes a protein localized to the pre-acrosome region of spermatids.
Hiroshi Aoto, Junji Tsuchida, Yukio Nishina, Yoshitake Nishimune, Akira Asano, and Shoji Tajima.
Eur. J. Biochem. 234, 8-15 (1995)

総説
エピジェネティクスと疾患　overveiw
実験医学別冊　2010年
牛島俊和、塩田邦郎、田嶋正二、吉田稔　編

組換えタンパク質のデザインと発現（代３章）
田嶋正二、末武勲
pp 71-108
蛋白質をつくるー抽出・精製と合成
長谷俊治、高尾敏文、高木淳一　編
2008年、化学同人

DNAメチル化酵素の活性測定ー放射性化合物を用いた活性測定、
pp104-112, 2008
エピジェネティクス実験プロトコール
実験医学別冊　DNAメチル化とヒストン修飾を網羅的・領域特異的、定量的に解析する実験手法のすべて
牛島俊和、眞貝洋一　編

エピジェネティクスの制御機構　over view
田嶋正二
蛋白質核酸酵素 53, 797-798, 2008

末武勲、田嶋正二
ゲノムDNAのメチル化修飾の形成と維持の機構
蛋白質核酸酵素 53, 823-835, 2008

脊椎動物におけるDNAのメチル化修飾とその制御
田嶋正二、末武勲、木村博信
酵素工学ニュース 58, 6-14 (2007)

DNAのメチル化修飾
田嶋正二、竹島秀幸、坂本秀樹、末武勲
「ゲノムワイドに展開するエピジェネティクス医科学」　中尾光善　他編、pp 25-31、羊土社　(2006)

DNAのメチル化に関わる分子
田嶋正二
「エピジェネティクスがわかる」　押村光雄　編、pp 22-29、羊土社 (2004)

DNAメチル化機構とその役割
田嶋正二
「エピジェネティクス」　佐々木裕之編、シュプリンガー・フェアラーク東京、pp 7-19 (2004)

DNAメチル基転移酵素とDNAメチル化
田嶋正二
現代医療 35(5), 936-948 (2003)

ゲノムDNAメチル化修飾の意味
田嶋正二
現代化学 384, 63-70 (2003)

DNAメチル化模様の形成と維持ーDNAメチルトランスフェラーゼを中心にしてー
田嶋正二
Molecular Medicine 39(7), 750-756 (2002)

ゲノムDNAのメチル化調節
田嶋正二
化学と生物 40(4), 214-216 (2002)

Regulation and function of DNA methylation in vertebrates.
Shoji Tajima and Isao Suetake
J. Biochem. 123, 993-999 (1998)

DNAのメチル化とメチル化DNA認識タンパク質
末武勲、田嶋正二
化学 48 656-657 (1993)

c-Myc蛋白質のDNA結合はDNAのメチル化により阻害される
田嶋正二
蛋白質・核酸・酵素 37, 57-58 (1992)