蛋白質データベース開発研究室

私たちは大阪大学 蛋白質研究所PDBjなど生命科学系データベースの維持管理に関わる業務を行なっています。以下のグループで活動しています。

PDBjPDBj

PDBj(Protein Data Bank Japan、日本蛋白質構造データバンク)は、タンパク質などの生体高分子に関する分子立体構造情報を集めたデータベースPDB(蛋白質構造データバンク)を運営する機関の一つです。wwPDB(国際蛋白質構造データバンク)の下、米国RCSB PDB、欧州PDBe、米国BMRBと協力して世界で一つのPDBを運営しています。

日本国内では1による支援の下、DBCLS(ライフサイエンス統合データベースセンター)、DDBJ(日本DNAデータバンク)とも協力してJBI(Japan alliance for Bioscience Information、日本バイオサイエンス情報連合)をつくり生命科学系データベースの活用に関する活動を行なっています。

PDBj-BMRBPDBj-BMRB

BMRB(Biological Magnetic Resonance data Bank、生体分子磁気共鳴データバンク)はNMR(核磁気共鳴法)を使って調べられた生体高分子の情報に関するデータベースです。ウィスコンシン大学マディソン校にある本家と協力し、1による支援の下、登録処理やツール開発、日本でのミラーサイトの運営を行っています。

CSDCSDの日本におけるアカデミック利用者向け窓口

CSD(Cambridge Structural Database、ケンブリッジ結晶構造データベース)は 有機化合物、有機金属化合物の結晶構造データベースで、 CCDC(Cambridge Crystallographic Data Centre、ケンブリッジ結晶学データセンター)が提供しています。日本において、企業等営利機関の方については化学情報協会、大学等アカデミック利用者については我々大阪大学蛋白質研究所が窓口となって配布などのサービスを行なっています。

EMPIAR-PDBjEMPIAR日本サイト

EMPIAR(Electron Microscopy Public Image ARchive、電子顕微鏡公開画像アーカイブ)は電子顕微鏡を使って分子構造を解く時に用いた元画像データのデータベースで、EBI(欧州バイオインフォマティクス研究所)により運営されています。 2018年、2による支援の下、このデータベースの日本におけるミラーサイトを運営を開始しました。

生物学構造モデルアーカイブ(BSM-Arc, BSMA)生物学構造モデルアーカイブ

生物学構造モデルアーカイブ(Biological Structure Model Archive:BSM-Arc、BSMA)は、分子動力学法、ドッキング法、ホモロジー・モデリング法などの計算的手法を使って得られた生体分子のモデルやシミュレーションデータを集めたアーカイブです。

  1. JST-NBDC」(科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター)と「大阪大学蛋白質研究所に措置された共同利用・共同研究拠点経費(文部科学省)」
  2. BINDS(創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム)