蛋白質構造データバンク構築研究室（Protein Data Bank Japan）

私たちは大阪大学 蛋白質研究所附属蛋白質先端データ科学研究センターにおいて、PDBjなど生命科学系データベースの維持管理に関わる業務を行なっています。以下のグループで活動しています。

PDBj

PDBj（Protein Data Bank Japan、日本蛋白質構造データバンク）は、タンパク質などの生体高分子に関する分子立体構造情報を集めたデータベースPDB（蛋白質構造データバンク）および電子顕微鏡で得られたクーロンポテンシャルマップの情報を集めたEMDB（電子顕微鏡データバンク）を運営する機関の一つです。wwPDB（国際蛋白質構造データバンク）の下、米国RCSB PDB、BMRB、欧州PDBe、EMDBと協力して世界で一つのPDB/EMDBを運営しています。

日本国内では1による支援の下、DBCLS（ライフサイエンス統合データベースセンター）、DDBJ（日本DNAデータバンク）とも協力してJBI（Japan alliance for Bioscience Information、日本バイオサイエンス情報連合）をつくり生命科学系データベースの活用に関する活動を行なっています。

BMRBj

BMRB（Biological Magnetic Resonance data Bank、生体分子磁気共鳴データバンク）はNMR（核磁気共鳴法）を使って調べられた生体高分子の情報に関するデータベースです。コネチカット大学ある本家と協力し、1による支援の下、登録処理やツール開発、日本でのミラーサイトの運営を行っています。

EMPIAR日本サイト

EMPIAR（Electron Microscopy Public Image ARchive、電子顕微鏡公開画像アーカイブ）は電子顕微鏡を使って分子構造を解く時に用いた元画像データのデータベースで、EBI（欧州バイオインフォマティクス研究所）により運営されています。 2018年、2による支援の下、このデータベースの日本におけるミラーサイトを運営を開始しました。

BSMA

生物学構造モデルアーカイブ（Biological Structure Model Archive:BSM-Arc、BSMA）は、分子動力学法、ドッキング法、ホモロジー・モデリング法などの計算的手法を使って得られた生体分子のモデルやシミュレーションデータを集めたアーカイブです。

XRDa

X線回折画像アーカイブ（X-Ray Diffraction Archive: XRDa）は、PDBエントリーのX線回折画像を集めたアーカイブです。

1. 「JST-NBDC」（科学技術振興機構NBDC事業推進部「統合化推進プログラム」）と「大阪大学蛋白質研究所に措置された共同利用・共同研究拠点経費（文部科学省）」
2. 生命科学・創薬研究支援基盤事業（BINDS）