分子グラフィックソフト、解析ソフトなどなど・・・。リンク集。


更新情報

ご意見ご感想、不都合等がありましたら、こちらまでご連絡ください。またソフトウェアに関する情報等もお待ちしております。

お絵かき→Painter,VMD,Pymol,Molscript,CONSCRIPT,POVScript+,Bobscript,RasMol,RasTop,MolView,DINO,Raster3D,RASTEP,POV-Ray,ORTEX,ORTEP-III,SecSeq,PDB to MultiGIF Page
その他→SHELX,CCP4,CNS,Yadokari-XG

リンク集へのリンク集。 (ほかにも数々のソフトウェアがあります)

MacとWinのNetscape4.7で確認したところ、翻訳したページへ正常にジャンプできません。その場合は、リンクの場所をいったんコピーしてアドレスバーにペーストするか、リンクを他のウィンドウにドラッグ&ドロップしてみてください。原因はよくわかりませんが、4.7x(それ以前・・未確認)で起きます。MacのNetscapeはその他のトラブルとして文字化けを起す場合があります。なお、Win、Mac共にNetscape7,IEでは問題ありません。

このページに存在する日本語翻訳ページへのリンクは全て検索サービスexciteウェブページ翻訳サービスを使わせてもらっております。

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CHIMERA

↑こんな絵が描けちゃうらしい。

栗栖先生からの紹介です。Midasの後継ソフトらしくコマンドも共通しているらしいので、Midasを使い慣れた人なら使いやすいということです。(一番左の画面写真が、Midasっぽい。)
unix,Linux,Win,MacOSX に対応。 学術的、政府、非営利目的、家庭での利用はfree。

ホームページ:http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
日本語がいいの:妄想ホームページ


Painter

↑こんな缶に入ってました。

 ああ憧れのペインター。まさにペイントソフトの王様、実際の画材をシュミレートさせたらこのソフトの右に出るものはないでしょう。素晴らしすぎる。この、缶に入ってるというのがただ者ではない証拠です。なんという個性、なんという存在感でしょう?今こんなに存在感のあるソフトが他にあるでしょうか。最初フラクタルデザインで開発されていましたが、その後合併した新会社メタクリエーションズへ、現在はコーレル社が開発を行っています。
残念ながら、非常に残念ながら、現在のバージョン7はただの紙箱になってしまいました。ペンキ缶のパッケージ復活を発売元に強く求めるものであります。ああ神よ!バージョン8になっても改善の兆し無し!!缶に入ってるからこそぺインターなのに!

ペインターに関してはここに色々載ってます→アトリエどどど(の中のペインターコレクション)
→ メディアビジョン(国内販売元)
→ 加コーレル社のPainterサイト


VMD

↑こんな絵が描けちゃうらしい。

Visual Molecular Dynamicsなる正式名称を持つソフト。あまり知らなかったのですが、実は有名? 色々できるみたいでホームページも結構充実しています。アニメーションもすごい。UNIX,MacOS X,Winに対応。R3D,POVはじめ様々なレンダラーに書き出しできるみたい。情報ご存じの方また教えてくださいね。

ホームページ:http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
やまと:VMD-視覚的な分子動力学


Pymol

↑こんな絵が描けちゃう。(らしい)

黒いバックグラウンドに映える内蔵レンダラーがすばらしい。使い方も結構簡単で、PDBファイルを表示するぐらいならすぐにできます。環境もUNIX,Mac(OS-X),Windowsなど、色々対応してます。特に、Mac OS X版ウィンドウズ版は手軽に構造を見たいという方、パソコンしかないわいな、という方にお薦めです。インストールも簡単。(Win版は先にPythonのパッケージを入れる必要がある。Pymol本体とのバージョンの関係に注意。Macはディスクイメージからコピーするだけという手軽さ)UNIX版ではPOV-Rayにレンダリングさせることができます。また、Raster3Dのファイルからレンダリングできるらしい。アニメーションも簡単にできるんやって。更新も頻繁に行われていて、お薦めのソフトです。
 なんでも今後はiPyMOLなる有償版と今まで通りの無償バージョンの2本立で行くそうです。

ホームページ: http://www.pymol.org/
日本語で見たいわ:Pymol ホームページ

紹介ページ→PyMOL: An Open-Source Molecular Graphics Tool (PyMOL:オープン・ソースの分子のグラフィックス・ツール)
      Apple - Science & Technology - Cornell University MacCHESS Facility  (りんご(サイエンス&技術)コーネル大学MacCHESS設備)


Molscript

↑こんな絵が描けちゃう。(らしい)

分子グラフィックソフトの王様といっても過言ではないでしょう。Raster3D形式で書き出して、レンダリングさせるのが一般 的な使い方です。

ホームページ:http://www.avatar.se/molscript/
ウチは日本語で見たいねん: Molscript公式ウェブサイト


CONSCRIPT

↑こんな風に描けちゃう。(らしい)

Molscriptの図に電子密度や分子表面 が描けるらしいです。

ホームページ:http://www.hsn.csiro.au/conscript/
わしは日本語よむわい: 徴集兵


POVScript+

↑こんな絵が描けちゃう。(らしい)

Molscriptにあてるパッチのようなものらしい。molscriptのスクリプトに新しいオプションを加えることができ、molscriptにpovrayへのスクリプトファイルを書き出せるようにする。Molscriptのままだと、POVでレンダリングしたい場合は、r3d2pov(Bobscriptに付属している?)でpovray用のスクリプトに書き変えないとダメなのだが

ホームページ:http://people.brandeis.edu/~fenn/povscript/
たのみますわ:povscript+ホームページ


Bobscript

↑こんな絵が描けちゃう。(らしい)

Molscriptの改良版?上の絵はRaster3Dでレンダリングしたものですが、単体でポストスクリプト形式で書き出したときの絵のクォリティが微妙にアップしてるらしいです。そのためのオプションが指定できるようになっています。コマンドがイギリス式のスペルになってます。基本的にMolscriptのスクリプトファイルをそのまま読めるらしい。また、ワイヤーフレームの電子密度マップを重ねられるので、使ってる方も多いようです。

ホームページ:http://www.strubi.ox.ac.uk/bobscript/
日本語でお願い!: Bobscript公式ホームページ


RasMol

↑こんな絵が描けちゃう。(らしい)

お手軽なお絵かきソフト。だが、意外と多機能で奥が深い。色々なバージョンがあってややこしい。バージョン2.7の方はMac,Win,Unix,Linux何でもあるみたい。結構オススメ。各バージョンの相関関係はこのようになっているらしい。

ホームページ(RasMol2.7):http://www.openrasmol.org/ 日本語
ホームページ(RasMol2.6): http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index2.htm 日本語

RasTop ウィンドウズ用RasMolのインターフェース。↓なんか使いやすそう! 思いません? 日本語にて→RasTopホームページ



MolView


↑こんな絵が描けちゃう(みたい)

数少ないマック専用の分子ビューワー。マックのソフトらしいGUIでかなり使いやすいと思うのですが、ちょっと古い?でもOS9.2でも特に問題はありませんでした。こういった使いやすいインターフェースのソフトがまた登場してほしいと思うんですが。

ホームページ:http://www.danforthcenter.org/smith/MolView/molview.html
ワガハイは日本語がイイナリ:MolViewとMolView Lite


DINO

↑こんな絵が描けちゃう。(らしい)

パステルカラーや中間色が深みのあるきれいな絵に描かれます。色使い次第ですごくいい絵が描けそうな気がしませんか?povrayにアウトプットできます。

ホームページ:http://www.biozentrum.unibas.ch/~xray/dino/
いつもすみませんのう:DINOニュース


Raster3D

↑こんな絵が描けちゃう。(らしい)

ご存じ分子グラフィックスで定番のレイトレーサーです。

ホームページ:http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html
日本語の日本語なのだ:Raster3D(photorealisticな分子のグラフィックス

パッケージに含まれるRASTEPなるソフトを使えば、異方性温度因子を含んだPDBファイルから簡単に楕円面 のタマタマ↓がレンダリングできるらしいです。(紹介ページはRaster3Dのページ→オンラインドキュメンテーションからたどれます) この他にもいくつかソフトが。(Hondohさんより)


POV-Ray

↑こんな絵が描けてしまう(らしい)

汎用のレイトレーサーで、一般的にはRaster3Dより有名。UNIX,Win,Mac何でもあります。名前はThe Persistence of Vision Ray Tracerの略だそうです。このような高機能なソフトが無償で提供されていることは素晴らしすぎる(らしい)。ラジオシティでもレンダリングできます。

ホームページ:http://www.povray.org/
あらあら?日本語?:POVRay
ホームページ(Mac版):http://mac.povray.org/
ホンマExciteさんサマサマや:マックOSのためのPOV-レイ


ORTEX

↑ORTEPのすごいやつ?

一度に5000原子まで描けるそうな。(ORTEPは500個みたい)Winのソフトらしい。この辺は低分子の方が専門でしょう。ホームページのダウンロードページから、ウィンドウズ用の色々なソフトが落とせる模様。SHELX for Winもある!

ホームページ:http://www.nuigalway.ie/cryst/ortex.htm
Japanese:Ortex

 


ORTEP-III

↑いわゆるこんな絵を描くソフトです。

ウィンドウズ版ではスクリプトを書き出してpovrayにレンダリングさせることができます。(上の左右それぞれ2枚)
Win版ortep-3(L. J. Farrugia, J. Appl. Cryst (1997), 30, 565.)が若干ヴァージョンアップ(1.076)した模様です(2003/01/19)。POV-Ray 3.5に対応など?

ホームページ:http://www.ornl.gov/ortep/ortep.html
日本語OK:ORTEP-III
ホームページ(Win版ORTEP-3):http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/ortep3/
まあまあここは一つ: ウインドウズ用のORTEP-3

 


SecSeq

↑こんな風になるらしいです。

なかなかきれいと思いません?二次構造が七色になってるあたりがいい感じ。

ホームページ:http://alf1.mrc-lmb.cam.ac.uk/~ding/secseq/
よっしゃまかしときまい:SecSeqホームページ


PDB to MultiGIF Page

 

動画GIFの自動生成サイト。(RasMolと同じところ)PDBファイルを指定し、いくつかのオプションを選択するだけでOK。RasMolのコマンドを入力できる。すごいのはフレーム単位でもコマンドを指定できること。(expert versionから)

URL:http://www.dkfz-heidelberg.de/spec/pdb2mgif/
やっぱり日本語じゃわ:MultiGIFページへのPDBへようこそ


SHELX

↑こんな人(George M. Sheldrickさん) が作っています。(渋い!この人のサインがほしいですね〜。)

高分解能の解析、異方性温度因子の精密化などを行うときに使用します。低分子の世界のほうがメジャー?ウィンドウズ版もあるらしい。(下のYadokari-XGも参照)
Winバージョンについては別のところで開発されている模様です。(11/18追加)

  以下引用
SHELX-97 consists of the following programs:
SHELXS - Structure solution by Patterson and direct methods
SHELXD - Structure solution for difficult problems (and location of heavy atom sites)
SHELXE - Phases from SHELXD heavy atom sites (and density modification)
SHELXL - Structure refinement (the version SHELXH is for large structures)
CIFTAB - Tables for publication via (small molecule) CIF format
SHELXA - Post-absorption corrections (for emergency use only)
SHELXPRO - Protein interface to SHELX
SHELXWAT - Automatic water divining for macromolecules

ホームページ:http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/
尻切れトンボ:SHELXプログラムページ(途中から文字数オーバーで翻訳されません)
Win用はこちら(Ortexのページ内):http://www.nuigalway.ie/cryst/dload.htm まずSHELXに登録してからとのことです。


CCP4

Collaborative Computing Project Number 4
The distribution, described herein, is often loosely referred to as `CCP4', but is properly `The CCP4 Suite'.

Win用ccp4iも4.2にバージョンアップした模様。(9月ぐらい?)


蛋白研のFTPミラーからもダウンロードできます。→ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/mirror/ccp4/

ホームページ:http://www.ccp4.ac.uk/
日本語なんて(喜):CCP4メイン・ページ

CCP4 on Microsoft Windows:http://www.ccp4.ac.uk/dev/ccp4onnt.html
ホンマ悪いわあ:マイクロソフト・ウインドウズ上のCCP4。


CNS

Crystallography & NMR System (CNS)
WinNTをサポートしているような記述はあるが・・・。

ホームページ:http://cns.csb.yale.edu/v1.0/
兄ちゃんごめんな:結晶学&NMRシステム


Yadokari-XG

 

 〜紹介文は下記ホームページより引用しました
世の中にX線結晶構造解析のソフトは,商用・非商用のものを含めて数多くが出回っていますが,これらはみな「結晶屋さん」が作ったソフトです。しかしYadokari-XGは,世の中でおそらく唯一の「有機化学屋が作ったX線結晶構造解析ソフト」 です。実際に「現場」での必要に迫られて作られたソフトだからこそ,他にはない数々の特徴があります(当然,他にはあっ てYadokari-XGにないものもたくさんある)。
〜〜〜〜
 つまるところ、SHELXやORTEP-IIIなどの構造解析ソフトのインターフェースである、ウィンドウズ用ソフトということらしいです。この場合のORTEP-IIIはウィンドウズ用GUIバージョンのORTEP-3ではないそうです。蛋白に使えるかどうかはよく分かりません。

ホームページ(元から日本語です):http://www.hat.hi-ho.ne.jp/k-wakita/yadokari/



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