Home > PyMOL > 作図に役立つコマンド+α

背景色の変更

  1. 背景を白(黒)にする
  2. External GUIより
    Display → Background → White or Black

    もしくは、コマンドより
    bg_color white
    bg_color black


  3. 背景を透明にする
  4. set ray_opaque_background, off


影の非表示

影があるとごちゃごちゃしてしまうので、影を消します。
set ray_shadow, off

ray_shadow, on ray_shadow, off



深度の調整

深度(霧)を調整します。使い分けとしては、全体の構造などを示すときは深度を0に、一部分を拡大して表示するときは 深度を上げると見やすい図になります。深度を0にするときは下のコマンドで、調整はマウスのホイールで行います。
set depth_cue, 0

depth_cue, 0 depth_cue, 1



ortoscopic view

orthoscopicで辞書を引くと"正視の"とあります。よくわかりませんね。例を見てください。 例で示したタンパク質は61らせん軸を持ち、軸方向から見ると6回対称に見えます。しかし、orthoscopicなしの場合は 手前と奥の視野の角度の違いできれいに見えません。orthoscopicありにするときれいに6回対称が見えます。

設定は、External GUIより
Display → Orthoscopic view にチェック
orthoscopic あり orthoscopic なし



Ray tracing & Antialias

External GUIの"Ray"ボタンを押すとウィンドウのサイズの図ができます。解像度の高い図を作るには
ray 1920,1080
のようにして、解像度を指定します。例では1920×1080の解像度になります。数字はいくつでもだいじょうぶです。 また、単にrayと入力するとウインドウのサイズの画像になります。

よりきれいな図を作るにはアンチエイリアスを上げます。値を大きくすると滑らかな図になります。
set antialias, 5


解像度やアンチエイリアスを上げるとなきれいな図ができますが、Ray tracingにかかる時間が長くなります。 やりすぎるとPyMOLが落ちることもありますので、ご注意ください。