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スクリプトの準備

PyMOL wikiのColor hというスクリプトを使用して、アミノ酸の疎水性度に応じて色分けをします。
  1. PyMOL wikiのColor hにアクセス
  2. The codeの下の灰色のボックス内をコピーして、テキストファイルに貼り付けます


  3. color_h.py名前で保存します。


スクリプトの実行

  1. PyMOLを起動して、File → Run から、先ほど保存したcolor_h.pyを開きます。
  2. コマンドラインにcolor_hと入力して実行します(Enter)。
  3. 完成です。赤色が濃いほど疎水性度が高くなっています。図ではShow → Surfaceを選んで、分子表面を表示しています。

    コマンドラインにcolor_h2と入力して実行することで異なる色分けもできます.