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PyMOLを長く使う人のためのインストール(2024.3.14　更新)

久しぶりにPymolで遊んでみようと思いオープンソースのPymolのインストールを試みましたが、 下の(2022.2.17　更新)の方法でうまくいきませんでした。Pymolの起動ができない方は以下試してみてください。 仮想環境だとうまくいくようです。Minionda3のインストールまでは同じです。
  1. Latest Miniconda Installer Links　のWindows用のMiniconda3 Windows 64-bitをクリックしダウンロードする。
  2. Miniconda3-latest-Windows-x86_64を実行->Next->I agree->Just me->Next->Register...のみチェック->Install->Next->チェックをすべて外しFinish。　
  3. スタートメニューからAnaconda Prompt(miniconda3)をクリックするとターミナルが立ち上がるので以降はターミナルにコマンドを入力する。
  4. コマンド”conda create -n pymol”と入力してEnter　#仮想環境の構築
  5. コマンド”conda activate pymol”と入力してEnter　#仮想環境の起動
  6. ”conda install -c conda-forge pymol-open-source”と入力してEnter
  7. 途中で出てくる、Proceed ([y]/n)?の表示のあとに[y]
  8. インストールが完了したら、pymolとコマンド入力してEnter

以降はMiniconda3を立ち上げて、
conda activate pymol [Enter]
pymol [Enter]

バッチファイルを作成しておくと便利です。以下の内容を拡張子が .bat のテキストファイル（例：pymol.bat）に保存します。 USERNAMEはご自身のユーザーネームに変更してください。 pymol.batをダブルクリックするとpymolが起動します。 

echo off
cd C:\Users\USERNAME\miniconda3
cmd.exe /K "Scripts\activate.bat base && conda activate pymol && pymol"



PyMOLを長く使う人のためのインストール(2022.2.17　更新)

  1. Latest Miniconda Installer Links　のWindows用のMiniconda3 Windows 64-bitをクリックしダウンロードする。
  2. Miniconda3-latest-Windows-x86_64を実行->Next->I agree->Just me->Next->Register...のみチェック->Install->Next->チェックをすべて外しFinish。　
  3. スタートメニューからAnaconda Prompt(miniconda3)をクリック->ターミナルが出てくるので、「conda install -c conda-forge pymol-open-source」を入力し、Enter。
  4. Proceed ([y]/n)?の表示のあとに「y]。
  5. インストールが完了したら、ターミナルに「pymol」を入力し、EnterでOpen-SourceバージョンのPymolが立ち上がる。
  6. 次回利用するときには、スタートメニューからAnaconda Prompt(miniconda3)をクリック->ターミナルが出てくるので「pymol」を入力し、Enter。
  7. （anacondaおよびpythonのインストール先はPC->ユーザー->あなたのユーザーネーム->miniconda3 です。フォルダーサイズは3.8GBです。）
  8. 必須ではないですが、batファイルを作ると便利です。テキストエディターで


    rem ご自分のminiconda3のpath名を正しく記入してください。

    cd C:\Users\hogehoge\miniconda3

    cmd.exe /K "Scripts\activate.bat base && pymol %1"
    [岡山大学森先生のよる改良版]

    の内容のpymol.batを作成。pdb ファイルを開くアプリとして登録すれば楽ちんです。

    以下でもできます。

    set Miniconda=C:\Users\hogehoge\miniconda3

    cmd.exe /K "%miniconda%\Scripts\activate.bat %/miniconda% && cd %miniconda% && pymol %1"


PyMOLの簡単インストール（短期用）(2017.10.08　更新)

  1. Download PyMOL 2.0のDOWNLOAD NOWをクリックし
  2. Windows EXE Installerをクリックし、ファイルをダウンロード
  3. ダウンロードしたファイルを実行
  4. 実行ファイルはインストール下フォルダーのPyMOLWin
  5. 起動時にライセンスのActivation画面が出てくるが、これをSkip Activation


MacPyMOL(2018.08.01　更新)

    Macの方も同様のようです。 Macの方はコチラからどうぞ。Windows同様簡単になったようです。












PyMOLインストール(2016.10.14　更新)

  1. PythonダウンロードページのLoking for a specific release?の下のPython2.7.11(2.7.12にはpipが同梱されていない）をクリックし、Windows x84-64 MSI installerをダウンロード
  2. ダウンロードしたファイルを実行
  3. Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packagesから

    numpy-1.11.2+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl
    Pmw-2.0.1-py2-none-any.whl
    pymol-1.8.4.0-cp27-cp27m-win_amd64.whl
    pymol_launcher-1.0-cp27-cp27m-win_amd64.whl

    をC:\Python27へダウンロード

  4. コマンド プロンプトを開き、cd C:\Python27

    5. Scripts\pip install wheel
    python -m pip install --upgrade pip

    これでpipが7.1.2から8.1.2にアップデートされる

    Scripts\pip install Pmw-2.0.1-py2-none-any.whl
    Scripts\pip install numpy-1.11.2+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.wh
    Scripts\pip install pymol-1.8.4.0-cp27-cp27m-win_amd64.whl
    Scripts\pip install pymol_launcher-1.0-cp27-cp27m-win_amd64.wh


    PyMOL実行ファイルは、C:\Python27\PyMOL.exeです。
    PyMOL.exeのショートカットを作成しておくと便利です。
    (右クリック→送る→デスクトップ(ショートカット作成))


MacPyMOL

Macの方はコチラからどうぞ。