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PyMOL2.0 (2017.10.6更新)

PyMOL2.0のプラグインAPBS toolsを使って表面電荷を表示します。表面電荷を計算するためのAPBSやPQRは同梱されているので別途インストールする必要がありません。


PQRファイルの作成

※多量体の表面電荷を計算するときは、あらかじめPDBファイルを編集し単量体にする必要があります。 計算自体はできますが、正しい電荷を計算することができません。
  1. PDB2PQR Serverにアクセス
  2. 表面電荷を表示したいタンパク質のPDBファイルをアップロードするか、PDB IDを入力
  3. submitをクリック
  4. ↓下へスクロール

  5. Output file の○○.pqrを右クリックして、名前を付けてリンク先を保存






実際にPyMOLを使って表面電荷を描いてみます。

APBS tools

  1. 表面電荷を表示したいpdbファイル(PQRファイルを作成するときにアップロードしたもの)をPymolで開きます。

  2. APBS toolsの起動
  3. Plugin → APBS tools

  4. 設定
  5. MainタブのUse another PQRをチェックし、Choose Externally Generated PQRからPQRファイルを指定

    Program LocationタブでAPBS binary locationとAPBS psize.py locationを指定
    APBS binary location C:\APBS1.5\bin\apbs.exe
    APBS psize.py location C:\APBS1.5\share\tools\manip\psize.py
    Set gridをクリックした後、Run APBSをクリック
    (計算に少し時間が掛かります。)

  6. 表示
  7. 計算が終了したら、Visualizationタブのsolvent accessible surfaceのチェックを外し、Low、Middle、Highの数字を調整し、Showをクリックします。
    (Low,Middle,Highの数値を変更したあとでShowをクリックすことで何度も調整できます。)

    完成です。
  8. おまけ
  9. 表示された表面電荷分布図はSurfaceの部類になるので、Transparencyを調節すれば透けた図にもできます。







    APBSインストール(注 PyMOL2.0以降インストールの必要は無くなりました。)

    PyMOLのプラグインAPBS toolsを使って表面電荷を表示します。APBS toolsはすでにPyMOL入っていますが、表面電荷を計算するためにはAPBSをインストールする必要があります。
    1. ダウンロードページより、apbs-1.5-Win64.zipをダウンロード
    2. ダウンロードしたzipファイルを解凍し、apbs1.5_setupを実行。C:/APBS1.5にインストールされる