Home > Pymol > リガンド結合部位の表示

presetという機能を使って、リガンドとリガンドの結合部位を手っ取り早く表示します。

preset

  1. PDBファイルを開く
    2. PDBファイルを読み込みます。例ではPDB ID : 3A7E(Catechol O-methyltransferaseというタンパク質と2つのリガンド 3,5-DinitrocatecolとS-adenosylmethionineの複合体)を使用します。

  2. preset
    3. Action → preset → ligand sites → cartoon


    他には、 Action → preset → ligand sites → transparet(better)