Infomationお知らせ
nanoVision Challenge
〜あなたの解析技術は、どこまで通用するか？〜
この度、クライオ電子顕微鏡に関わるすべての研究者、技術者、そして学生を対象とした、分解能を競うオンラインコンテスト「nanoVision Challenge」を開催します！
配布される共通のデータセットを使い、誰も見たことのない高分解能構造の頂を目指しませんか？本コンテストは、個人の技術を試すだけでなく、参加者同士が最新の解析手法を学び、議論を深める交流の場となることを、そして将来的にはデータを取得したにもかかわらず構造解析がうまくいかなかった研究者と、構造解析が得意な研究者とのマッチングができる場の提供を目指しています。
「我こそは！」というトップランナーから、「自分の実力を試してみたい」という若手研究者や学生の方まで、熱意あるすべてのチャレンジャーを歓迎します。豪華賞品もご用意しています！
皆様の挑戦を心よりお待ちしております。
nanoVision challenge実行委員会
委員長：加藤貴之（大阪大学蛋白質研究所）
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【コンテスト名】
nanoVision Challenge
【概要】
主催者から提供されるクライオ電子顕微鏡の画像データセットを用いて、期間内での最高分解能を目指すオンラインコンテストです。
カテゴリは以下に示す【限界分解能部門】、【フォーカス解析部門】、【サブトモグラムアベレージ部門】の3つに分かれており、そのいずれかあるいはすべてに挑戦することができます。
【カテゴリと試料名】
1. 限界分解能部門
試料名：GLUT9 +urea
概要：2025年にMatsushita D.らによって発表された尿酸が結合したGlucose transporter 9 のデータセット(EMPIAR-12614)である。分子量59.7 Daの小さなタンパク質であるため、高分解能な解析が困難な挑戦的なターゲットです。ちなみに、主催者側の何名かがRELIONで解析を試みたが、満足いく分解能での解析は成功しませんでした。
2. フォーカス解析部門
試料名：hERG channel
概要：2024年にMiyashita Y.らによって発表されたhuman ether-à-go-go-related gene chanelのデータセットで、4つのhERGで形成されるリング状の構造の中心に薬剤が結合しています。今回はその中心にある薬剤の高分解能解析に挑戦していただきます。
3. サブトモグラムアベレージ部門
試料名：Rubisco
概要：2024年にKelly R.らによって発表（EMPIAR-11830）された、クラミドモナスをプラズマFIBで切削した1,829のラメラからの傾斜シリーズのデータセットで、リボソーム等様々な生体高分子が観察されています。今回はその中からRubiscoをターゲットとしました。
【開催期間】
2025年8月19日 〜 2025年12月25日
【参加資格】
・クライオ電子顕微鏡による構造解析に携わる、または興味のある大学・研究機関の研究者、学生、技術者
・情熱が煮えたぎる研究者
【審査基準】
1. GLUT9+urea
Glut9+urea複合体の全体分解能の高さを評価対象とします。GS-FSCによる数値は判断材料の一つですが、最終的にマップのクオリティーの高さを重視します。
2. hERG channel
hERG channelの中心に存在する薬剤の分解能を評価対象とします。薬剤のマップがいかに原子モデルに近いか、原子モデルとマップの相関がいかに高いかを重視します。
3. Rubisco
サブトモグラムアベレージを使っていかに高分解能に到達したかを評価基準とします。1と同様、GS-FSCによる数値は判断材料の一つですが、最終的にはマップのクオリティーを重視します。
【禁止事項及び注意】
・コンテストで使われるデータは、論文で発表されているデータセットの一部を切り取って使っています。なので、論文よりも高い分解能になるとは限りませんので、論文よりも低いからといってエントリを取りやめる必要はありません。
・計算の過程に機械学習を利用することは問題ありませんが、元の画像に手を加わえることは禁止とし、最終的に出力されるデータは元画像から構成される必要があります。
・コンテストの優勝者には解析の工夫についてワークショップにて解説を行ってもらいます。
・主催者側が必要と判断した場合、追加のデータの提出を求める場合があります。
【課題データのダウンロード】
Rsyncコマンドによるダウンロードを推奨します。（/PATH/TO/YOUR/DIRECTORYの部分をダウンロードディレクトリのパスに変更してください）
1. GLUT9+urea
rsync -av rsync://empiar.pdbj.org/empiar/workshop/contest2025/spa_data/* /PATH/TO/YOUR/DIRECTORY
2. hERG channel
rsync -av rsync://empiar.pdbj.org/empiar/workshop/contest2025/challenge_data/* /PATH/TO/YOUR/DIRECTORY
3. Rubisco
rsync -av rsync://empiar.pdbj.org/empiar/workshop/contest2025/sta_data/* /PATH/TO/YOUR/DIRECTORY
【提出データ】
・最終的なマップ
・GS-FSC（フォーカス解析部門の場合は不要）
・B-factor（限界分解能部門のみ）
・薬剤の原子モデル（フォーカス解析部門のみ）
・A4 １枚程度の解析の方法と工夫した点がわかるアピールレポート
【賞】
最優秀賞、審査員特別賞
【参加登録】
こちらのgoogle formから計算結果を登録をしてください。データの登録をもってエントリーとします。
皆様のご参加をお待ちしております。
主催：大阪大学・蛋白質研究所