クライオ電顕単粒子解析 講習会用のapo-ferritinのデータ

分解能1.54Åの3Dマップ( EMD-9865 )の取得に用いた2D電顕画像( EMPIAR-10248 )を1/100のサイズに減らしたデータ。元にしたEMPIAR-10248は、 50フレームの動画TIFF画像が971ファイルあり、全部で145.9 Gbyte。 この講習会用のデータは、971個のTIF画像のうち、20個だけを選び、さらに50フレーム中、前半の25枚だけを選んで 作られており、データサイズは1.69 Gbyte。この画像データでも、分解能3.1Åのマップを作成することができます。

• 20個のTIF画像ファイルをまとめたtarファイル(1.69 Gbyte) EMPIAR-10248_tutorial.tar

• 各画像の入ったディレクトリ EMPIAR-10248_tutorial/Movies

計算過程のファイル、3Dマップ、原子モデルのファイル

• Relionによる全計算過程のファイル(最終分解能:3.1Å)[14.61 Gbyte] (2019/09/02) EMPIAR-10248_tutorial_precal_PostProcess_first3dref.tar

• Relionによる全計算過程のファイル パラメータ修正版 （最終分解能:2.8Å）[8.57 Gbyte](2019/09/07) EMPIAR-10248_tutorial_mod_params_20190907.tar

• 講習会用の2D画像で作成された3Dマップ(分解能3.1Å) (2019/09/02)： EMPIAR-10248_tutorial_precalculated/3Dmap

• 講習会用の2D画像で作成された原子モデル (2019/09/02)： EMPIAR-10248_tutorial_precalculated/PDB

• フィッティング計算用データセット （川端担当;2019/09/06）: fitting.zip
  ※beta-galactosidase (bgal)とapo-ferritin(aferr)の講習会用マップデータと、X線結晶解析による原子モデルデータなどが入っています。

• 原子モデリング計算用データセット（田中先生担当;2019/09/06） : EMkoushuukai.zip
  ※apo-ferritin(aferr)の講習会用マップデータと、原子モデルデータなどが入っています。

講習会の講義で使ったスライド (2019/09)（要パスワード）

• 単粒子解析理論概要(加藤先生)
• Relionの背景にあるベイズ理論(川端)
• フィッティング計算(川端)

講習会の実習で使ったスライド (2019/09)（要パスワード）

• Relionチュートリアル preprocessing(apo ferritin)
• Relionチュートリアル Class2D_3D(apo ferritin)
• Relionチュートリアル preprocessing 修正版(apo ferritin)
• Relionチュートリアル Class2D_3D 修正版(apo ferritin)
• Relionチュートリアル preprocessing(beta galactosidase)
• Relionチュートリアル Class2D_3D(beta galactosidase)
• phenix map_to_model
• Chimeraとgmfitによるフィッティング実習