蛋白質データベース開発研究室

メンバー

教授 中村 春木(兼)
栗栖 源嗣(兼)
藤原 敏道(兼)
准教授 金城 玲
小林 直宏(特任准教授)
助教 鈴木 博文(特任助教)(兼)
技術職員 小佐田 高史(技術専門職員)(兼)

 

連絡先

電話番号 06-6879-4311
ファックス番号 06-8679-8636
メールアドレス
URL

研究概要

PDBj(Protein Data Bank Japan)グループ

【メンバー】
教授  栗栖 源嗣 (兼)、中村 春木(兼)
准教授  金城 玲 (兼)
特任助教 鈴木 博文(兼)
技術職員 小佐田 高史 (兼)

【連絡先】
Tel  06-6879-4311
Fax  06-6879-8636
E-mail
URL https://pdbj.org/index_j.html

【研究概要】
PDBjでは、wwPDB(worldwide PDB: https://wwpdb.org)と協力して、蛋白質や核酸等の生体高分子の3次元原子構造のデータベース構築と公開作業を実施している。さらに、構造生物学に興味を持つ研究者や学生に対して種々のサービスを web 上で公開している。

PDBj-BMRB(BioMagResBank)グループ

【メンバー】
教授  藤原 敏道 (兼)
客員教授 児嶋 長次郎
特任准教授 小林 直宏

【連絡先】
Tel  06-6879-8598
Fax  06-6879-8599
E-mail 
URL http://bmrbdep.protein.osaka-u.ac.jp

【研究概要】
核磁気共鳴(NMR)法は生体高分子の構造と機能を調べる重要な方法である。この NMR 法のデータベース BMRB を米国 BMRB などと協力して運営してい る。図2に示したインターネット・サイトを通じて、データの登録や、データおよび解析ツールの公開を行い世界の生体系 NMR 利用者の研究に貢献している。

CSD(Cambridge Structural Database)グループ

【メンバー】
教授 中村 春木 (兼)

【連絡先】
Tel  06-6879-4311
Fax  06-6879-863
E-mail
URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/csd/csd.html

【研究概要】
英国のケンブリッジ結晶データセンター(CCDC: Cambridge Crystallographic Data Centre)が収集している有機低分子化合物の化学構造データベースを、ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD: Cambridge Structural Database system)として、日本のアカデミア研究者に対するサービスと公開を行っている。

研究課題

発表論文

PDBj(Protein Data Bank Japan)グループ

  1. Protein Data Bank Japan (PDBj): Maintaining a structural data archive and Resource Description Framework format. Kinjo AR, Suzuki H, Yamashita R, Ikegawa Y, Kudo T, Igarashi R, Kengaku Y, Cho H, Standley DM, Nakagawa A, Nakamura H. Nucleic Acids Research 40:D453-D460 (2012)
  2. PDBj Mine: Design and implementation of relational database interface for Protein Data Bank Japan. Kinjo AR, Yamashita R, Nakamura H. Database 2010:baq021 (2010)

PDBj-BMRB(BioMagResBank)グループ

  1. BioMagResBank (BMRB) as a partner in the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB): new policies affecting biomolecular NMR depositions. Markley JL, Urich EL, Berman HM, Henrick K, Nakamura H, Akutsu H. Journal of Biomolecular NMR 40:153-155 (2008)
  2. An automated system designed for large scale NMR data deposition and annotation: application to over 600 assigned chemical shift data entries to the BioMagResBank from the Riken Structural Genomics/Proteomics Initiative internal database. Kobayashi N, Harano Y, Tochio N, Nakatani E, Kigawa T, Yokoyama S, Mading S, Ulrich EL, Markley JL, Akutsu H, Fujiwara T. Journal of Biomolecular NMR, in press.