Cootのインストールだけでできる分子モデリングの練習
Fourie transform（ShaFFTを利用しました）
MAD sample data（データを提供していただいた 東大農 伏信先生に感謝）
勉強部屋
- 武部さんのベイズの定理
- 東さんのフーリエ変換
- 武部さんの最小二乗法
- 東さんの結晶構造解析とフーリエ変換
- 武部さんの実践結晶構造解析
結晶学小ネタ
- リアルタイム2次元FFTプログラム（大久保先生作）
（すばらしいです。道具箱の項目にソフトのリンクがあります。左はwebcamの画像、右はそのフーリエ像です。）
- エクセルで作る原子散乱因子のグラフ（硫黄原子は含まれていませんので是非ご自分で作ってみてください。ファイルの転載、再配布はだめでーす。！）
- Laue関数のエクセルファイル（Nの値を変えてみてください）
- ２種類の重なった回折像の処理 もし興味がある場合は、遠慮無くご連絡ください。
- エクセルで学ぶ並進を含む対称操作による消滅則
P21 kが奇数の時、(0 k 0)の反射強度が０になる。
P31 lが3の倍数以外の時、(0 0 l)の反射強度が０になる
P32 lが3の倍数以外の時、(0 0 l)の反射強度が０になる。P31と強度は０になる反射が同じであることに気が付くと思います。つまり、消滅則ではP31とP32の区別はできません。実は位相が決まるまで区別ができないのです。
P41,P42,P43では(0 0 l)の反射強度が０になるところがあります。ここでも、 P41,P43の消滅する規則が同じです。P42では、lが奇数の時、(0 0 l)の反射強度が０になり、軸は違いますがP21と同じですね。一方、P4ではどのような座標を入れても、消滅則はないことが分かります。C面心格子
- エクセルで学ぶ複合格子による消滅則
- SIRASの理解の助け
(24 May, 2011)
- 蛋白質結晶中の金属イオンの配位数と結合距離の情報(リンク切れ）Ruppさんの本のp754が良い。元情報はhttps://doi.org/10.1107/S0907444906014594
- 蛋白質結晶中の金属イオンの配位数と結合距離の情報のデータベース
- CootでSphere Refinentをする方法はこれを~./cootというファイルに書き込む。そして、精密化したい部分を画面の中心に持ってきたらshift+R。 S-S結合の時に便利。(tkfkmさんとyam_cppさんから教えていただいた情報です)
結晶学を学ぶツール
XRayView 逆格子、回折球、回折点、検出器距離などが分かりやすいです。（リンク切れ）
XrayViewの動画(mp4)
XrayViewの動画(avi)
FOURDEM 回折点の強度と位相の情報の足し合わせから電子密度が計算されることがわかります。（開発終了？）
ShaFFT ピンホールなどのフーリエ像を確認できます。（昔はalwynのサイトに置いてあったんだけど、今はどこにあるのだろうか？）
- Kinemage 逆格子、SIRASなど様々なことを視覚化することができます。
結晶学の講義資料
JPXTAL@twitter
twitterで#jpxtalを検索すると結晶学者日常が垣間見えます。
（このタグの利用はdobuoさんの提案です。)
アーカイブス
- 坂部さんの講演のムービー@渡邉信久さんのページ(linked on 3 March 2011）
- Weekly upload 月原冨武教授退職記念誌
(ページビュー数約700という好評のうちに終了いたしました。ご購読いただいた皆様ありがとうございました。次の予定がありませんので、おすすめの記念誌がございましたらお知らせいただけるとういれしいです。）JPXTAL
日本の蛋白質結晶学関係の人たちが集うJPXTALというメーリングリストがあります。googleでjpxtal biokidsで検索すると詳しい入会手続きの方法が分かります。
クロニクル
- 田中勲さんの公開シンポジウム「タンパク質結晶学と構造生物学の将来を考える」 （１９９４１２月３日）の発表スライドの中にあったJPXTALについての記述
紙工作のお部屋
- １９９５年９月１９日当時、入会に際して送られていたwelcomeメールです。現在の情報ではありませんのでご注意を。
- 折り紙でつくるウイルスの形（updated on 12 Auguest 2011)
リンク集
- 正12面体展開図（updated on 1 March, 2011)
のりしろは付いていません。そこを工夫して組み立ててみてください。OHPシートに印刷して組み立てると面白いかもです。- 斜方12面体展開図(updated on 28 Semptember, 2011)
どんな形になるか想像してみて下さい。
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リンクする場合にはhttp://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/index.htmlを
利用ください。各コンテンツに直接リンクを張るのはご遠慮ください。
Kevin CowtanさんのThe Interactive Structure Factor Tutorial