蛋白質結晶学四方山話


Cootのインストールだけでできる分子モデリングの練習
Fourie transform(ShaFFTを利用しました)
MAD sample data(データを提供していただいた 東大農 伏信先生に感謝)

勉強部屋
  1. 武部さんのベイズの定理
  2. 東さんのフーリエ変換
  3. 武部さんの最小二乗法
  4. 東さんの結晶構造解析とフーリエ変換
  5. 武部さんの実践結晶構造解析


矢印が多い



結晶学小ネタ

  • リアルタイム2次元FFTプログラム(物質・材料研究機構 大久保先生作)(すばらしいです。講義資料の項目にソフトのリンクがあります。左はwebcamの画像、右はそのフーリエ像です。)
  • 回折格子とレインボーライト(某100円ショップ)(4 April, 2013)(m4形式)(mov形式)


  • エクセルで学ぶ並進を含む対称操作による消滅則

    P21 kが奇数の時、(0 k 0)の反射強度が0になる。 
    P31 lが3の倍数以外の時、(0 0 l)の反射強度が0になる
    P32 lが3の倍数以外の時、(0 0 l)の反射強度が0になる。P31と強度は0になる反射が同じであることに気が付くと思います。つまり、消滅則ではP31とP32の区別はできません。実は位相が決まるまで区別ができないのです。
    P41,P42,P43では(0 0 l)の反射強度が0になるところがあります。ここでも、 P41,P43の消滅する規則が同じです。P42では、lが奇数の時、(0 0 l)の反射強度が0になり、軸は違いますがP21と同じですね。一方、P4ではどのような座標を入れても、消滅則はないことが分かります。
  • エクセルで学ぶ複合格子による消滅則
    C面心格子



結晶学を学ぶツール

  • XrayViewXRayView  逆格子、回折球、回折点、検出器距離などが分かりやすいです。(リンク切れ)














XrayViewの動画(mp4)
XrayViewの動画(avi)
  • FOURDEM 回折点の強度と位相の情報の足し合わせから電子密度が計算されることがわかります。(開発終了?)







  • FOURDEMShaFFT ピンホールなどのフーリエ像を確認できます。(昔はalwynのサイトに置いてあったんだけど、今はどこにあるのだろうか?)









  • Kinemage 逆格子、SIRASなど様々なことを視覚化することができます。








結晶学の講義資料


JPXTAL@twitter


twitterで#jpxtalを検索すると結晶学者日常が垣間見えます。
(このタグの利用はdobuoさんの提案です。)
         

アーカイブス

  • Weekly upload 月原冨武教授退職記念誌
    (ページビュー数約700という好評のうちに終了いたしました。ご購読いただいた皆様ありがとうございました。次の予定がありませんので、おすすめの記念誌がございましたらお知らせいただけるとういれしいです。)

JPXTAL

 日本の蛋白質結晶学関係の人たちが集うJPXTALというメーリングリストがあります。googleでjpxtal biokidsで検索すると詳しい入会手続きの方法が分かります。

クロニクル

  • 田中勲さんの公開シンポジウム「タンパク質結晶学と構造生物学の将来を考える」   (199412月3日)の発表スライドの中にあったJPXTALについての記述
  • 1995年9月19日当時、入会に際して送られていたwelcomeメールです。現在の情報ではありませんのでご注意を。
紙工作のお部屋
  • 正12面体展開図(updated on 1 March, 2011)
    のりしろは付いていません。そこを工夫して組み立ててみてください。OHPシートに印刷して組み立てると面白いかもです。  
  • 斜方12面体展開図(updated on 28 Semptember, 2011)
    どんな形になるか想像してみて下さい。
リンク集

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