Home > PyMOL > 二次構造の割り当て(DSSP)

PyMOLでCartoon表示したときに表示される二次構造は、実際と異なることがあります。 (実際は二次構造を取っているのにloop構造で表示されたり・・・)
ここではDSSPを用いて、PDBファイルから二次構造を見つけて出力する方法を紹介します。

PyMOLプラグインとバイナリファイルのダウンロード

  1. DSSP Stride の右上の "plugins/dssp_stride.py" をダウンロード
  2. DSSPの左 "Download" の ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/ から、dssp-2.0.4-win32.exeをダウンロード

PyMOLプラグインのインストール

  1. PyMOLを開く
  2. "Plugin → Manage Plugins → Install"からダウンロードしたplugins/dssp_stride.pyを選択


  3. PyMOLを再起動すると、"Plugin" に "DSSP & Stride" が追加されます。


DSSP

  1. PyMOLでPDBファイルを開きます。
  2. "Plugin → DSSP & Stride" からプラグインを開きます。
  3. PyMOL selection/objectに目的のオブジェクトを指定
    DSSP binary:にdssp-2.0.4-win32.exeを指定


  4. "Run DSSP" をクリックした後、"Update ss"をクリックすると、 DSSPの結果に従い、二次構造が変更されます。

  5. ↓↓↓


  6. 色の変更
  7. "Update color"をクリックすることで、二次構造に応じて色分けすることができます。


手動で二次構造を変更する

alterコマンドを使用して、二次構造を変更します。

へリックスに変更する。
alter 対象, ss='H'
ストランドに変更する。
alter 対象, ss='S'
ループに変更する。
alter 対象, ss='L'


alterを実行した後、
rebuild
で二次構造を変更することができます。

例えば、Chain Aの残基番号10から15をストランドに変更する場合は、
alter (resi 10:15 and chain A), ss='S'
rebuild