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分子の重ね合わせ

  1. ファイルを開く
  2. 重ね合わせたい分子(PDBファイル)を二つ開きます。


  3. 表示形式の変更
  4. 必須ではありませんが、cartoon表示に変更します。
    Hide → everything
    Show → cartoon


  5. 重ね合わせ
  6. alignコマンドを使って重ね合わせます。
    align source, target
    source : 動かす分子
    target : 重ねる対象


    今回は
    align 1cbs, 1hmt
    RMSDも計算されます。

RMSDによる色分け

  1. スクリプトの保存
  2. ColorByRMSDより、 右上の "colorbyrmsd.py" をダウンロードします。

  3. スクリプトの実行
  4. (1) File → Run より、保存した "colorbyrmsd.py" を実行
    (2) コマンドラインより
    colorbyrmsd source, target
    濃い青から紫は、濃いほどよく重なっており、白い部分は重ね合わせに使われていません。 RMSDの値を可視化することができました。


おまけ コマンドを使わない重ね合わせ

オブジェクトパネルより
Action → Align → to molecule → 対象を選択