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分子置換法による位相決定方法です。CCP4のMolrepというというプログラムを使用する方法を紹介します。
MOLREPの起動
"Molecular Replacement" サブメニューにある "Run Molrep -auto MR" をクリック
SCALAの実行
以下のように設定して、下の"Run" メニューから "Run Now" をクリック
"Use sequence" にチェックを入れる
"MTZ in"にiMosfilmで出力されたmtzファイルを入力する
"Model in"に類似構造Pか構造予測モデルのPDBファイルを入力する
結果の確認
- 計算が終わると、FINISHEDとなります。
- ダブルクリックすると、処理のログファイルを見ることが出来きます。統計値の確認ができます。
- 右クリック→View Log Graphsから統計値のグラフを見ることができます。
"Analysis against resolution" をクリックすると分解能とI/sigmaのグラフが表示されるので、
I/sigmaが2より大きい分解能を採用します。
- 分解能を変更して、もう一度SCALAを実行します。"MTZ out" は一回目の名前と被らないように変更します。
