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分子置換法による位相決定方法です。CCP4のMolrepというというプログラムを使用する方法を紹介します。

MOLREPの起動

"Molecular Replacement" サブメニューにある "Run Molrep -auto MR" をクリック


SCALAの実行

以下のように設定して、下の"Run" メニューから "Run Now" をクリック
  • "Use sequence" にチェックを入れる
  • "MTZ in"にiMosfilmで出力されたmtzファイルを入力する
  • "Model in"に類似構造Pか構造予測モデルのPDBファイルを入力する


    • 結果の確認

    1. 計算が終わると、FINISHEDとなります。


    2. ダブルクリックすると、処理のログファイルを見ることが出来きます。統計値の確認ができます。


    3. 右クリック→View Log Graphsから統計値のグラフを見ることができます。
      "Analysis against resolution" をクリックすると分解能とI/sigmaのグラフが表示されるので、 I/sigmaが2より大きい分解能を採用します。


    4. 分解能を変更して、もう一度SCALAを実行します。"MTZ out" は一回目の名前と被らないように変更します。